一向一揆の騒乱のために吉崎の地から京に逃れた浄土真宗本願寺派第8代門主蓮如上人に対し、越前の国主朝倉敏景は一乗谷に御坊を建立する条件で越前下向を願い出たが、上人は周囲の状況を考慮して聞き入れなかった。
しかし、上人は文明8年（1476年）自分の近親者を坊主にするために浄土真宗本願寺派第5代門主綽如上人の三男である周覚玄真法師の孫にあたる蓮實（永存の子）を御坊職に任じられた。
敏景から朝倉氏は代々その下護に務め、朝倉氏滅亡までの５代100年間に亘り、御坊職は蓮實・真桂・祐誓の３代が連続して保たれた。
その後、戦国時代の変遷を経て、長谷川秀一公が東郷城主を命じられるにおよんで、寺基をその城下に移して“吉崎引移しの御坊”と称した。その御坊地が現在の福井市栃泉町62字折橋1番地の地籍で、今でも御坊田と呼ばれている。
近代まで標柱でその位置を伝え、その耕土の約50cmの地中には敷石や井戸跡と考えられる礎石が一面に敷かれていたと云う。
そして、現在地へ御堂を移築したのは、その13年余り後のことと云われている。
天正13年（1590年）に北の庄の城主となった堀秀政は殊のほか真宗に帰依厚く、北の庄の柳町に地籍に御坊地を寄進し、それを受けた浄土真宗本願寺派第11代門主顕如上人は性玄寺善珍を御坊地監守に任じた。
堀秀政が1590年病没し後、長男堀秀治は父の志を継ぎ柳町御坊地に堂宇を建立して柳町御坊となし、福井別院となった。
このことから御坊の御堂が2ヶ所に出来る結果となり東郷御坊は寺号の無い別院となった。
そこで浄土真宗本願寺派第12代門主准如上人は別院となった東郷御坊に対し「照恩寺」の寺号を下賜して、“院家”の格式を仰せつかった。
すなわち照恩寺が吉崎御坊の後身で福井別院の前身であると云われる所以である。

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